Wody powierzchniowe gminy reprezentowane są przez górne odcinki Mininy i Krzywej Rzeki, środkowy odcinek Ciemięgi oraz rowy melioracyjne. Ciemięga jest lewobrzeżnym dopływem Bystrzycy. Dorzecze ma kształt wydłużony, rzeka płynie ona w kierunku równoleżnikowym. Średni przepływ rzeki wynosi 0,58 m3/s, to jest 3.83 l/s/km2 i 18,4 hm3 rocznie. Zaznacza się duża przewaga odpływu zimowego (w marcu średni przepływ 1,02 m3/s, a w sierpniu 0.34 m3/s ). Zasilanie Ciemięgi wodami podziemnymi odbywa się korytowo bądź za pośrednictwem niewiele od rzeki oddalonych źródeł. Na terenie gminy Ciemięga nie przyjmuje żadnego stałego dopływu. System odpływu powierzchniowego tworzy epizodycznie (podczas roztopów lub nawalnych deszczów) prowadząca wodę rozgałęziona sieć dolin denudacyjnych i wąwozów.
Minina jest lewostronnym dopływem Wieprza. Odwadnia głównie środkową część Równiny Lubartowskiej. W górnym odcinku nazywana jest Smugą. W górnym biegu koryto rzeki jest okresowo suche i ma charakter rowu melioracyjnego o głębokości 1 - 1.5 m. W Krasieninie rzeka przyjmuje pierwszy dopływ, którym jest bezimienny ciek z Kolonii Majdan Krasieninski o długości 5 km. Minina najwięcej wody prowadzi na wiosnę w okresie roztopów, natomiast latem i jesienią cechuje się niskimi stanami wody. Większy ich przybór w tym okresie wiąże się jedynie z obfitym opadem.
W miescowości Dąbrówka do Mininy uchodzi Krzywa Rzeka, której źródłowy odcinek tworzą dwa rowy biorące początek przy drodze Lublin - Lubartów. Krzywa Rzeka na 5.5 km swojego biegu przyjmuje ciek z Nasutowa.
Wody podziemne
Na terenie gminy Niemce (podobnie jak w całym regionie należącym do płaskowyżu Nałęczowskiego) wody podziemne występują w trzech piętrach wodonośnych tworząc jeden połączony zbiornik o wspólnym, swobodnym zwierciadle podlegającym drenażowi przez dolinę i koryto Ciemięgi. Możemy tu wyróżnić dwa wyraźnie różne hydrologicznie rejony:
Skała macierzysta gleby.
Decydującym czynnikiem wpływającym na typ gleby jest skała macierzysta, na której jest ona wykształcona. Na terenie gminy występują następujące utwory powierzchniowe:
Typy gleb
Największą powierzchnię zajmują gleby brunatne wyługowane. Mają one odczyn lekko kwaśny lub kwaśny w górnych poziomach profilu, głębiej zaś obojętny lub zasadowy. Występują w jednym kompleksie z glebami brunatnymi kwaśnymi. Gleby brunatne posiadają bardzo dobre właściwości agrotechniczne i duże zdolności produkcyjne. Zalicza je się na ogół do I, II lub co najmniej IIIa klasy bonitacyjnej. Na zachód od linii Żulin - Ciecierzyn występują gleby brunatne wyługowane, głównie o lekkim i średnim składzie mechanicznym. Zaliczane są one do kompleksu pszennego bardzo dobrego i dobrego, rzadko wadliwego. Niekorzystną cechą gleb lessowych jest ich podatność na procesy denudacyjne.
Stosunkowo małą powierzchnię zajmują mady oraz gleby torfowe, mułowe oraz murszowo torfowe. Ich występowanie związane jest z obniżeniami dolinnymi Ciemięgi, Mininy oraz Krzywej Rzeki. Gleby te wykształciły się w warunkach nadmiernego uwilgotnienia.
Roślinność
Obszar gminy Niemce charakteryzuje się dużym zróżnicowaniem szaty roślinnej. Wpływa na nie bogactwo rzeźby tego terenu oraz różnorodność warunków siedliskowych.
Północna część obszaru gminy, o dużych, a miejscami bardzo dużych walorach przyrodniczych, wchodzi w skład otuliny Kozłowieckiego Parku Krajobrazowego. Część południowa natomiast, niezwykle bogato urzeźbiona, w szczególności zasługuje na ochronę. Występuje tu bowiem w dolinie Ciemięgi, w wąwozach i na kserotermicznych zboczach wiele rzadkich i chronionych gatunków roślin. Zaprojektowano utworzenie tu 6 użytków ekologicznych oraz wielu pomników przyrody.
Przeważająca część obszaru gminy jest użytkowana rolniczo. Stosunkowo niewielką powierzchnię zajmują łąki (w dolinach Ciemięgi, Krzywej Rzeki i Mininy) oraz lasy. Lasy są w dużym stopniu przekształcone działalnością człowieka. Widać to szczególnie wyraźne w północnej części gminy tworzącej otulinę KPK. Panują różnowiekowe sośniny, którym towarzyszą dęby: szypułkowy i bezszypułkowy, brzozy brodawkowata i omszona, topola osika, rzadziej lipa drobnolistna. W podszyciu występuje najczęściej grab, leszczyna, jarzębina i kruszyna, rzadziej jałowiec i kalina.
Przeważającym typem siedliskowym lasu jest las mieszany świeży. Niewielką powierzchnię leśną zajmują lasy świeże, bór mieszany świeży, bór mieszany wilgotny oraz ols. Panującymi zbiorowiskami są zespoły roślinności borowej. Na terenie gminy Niemce nie stwierdzono boru bagiennego oraz boru mieszanego wilgotnego.
Prowadzona w lasach gospodarka doprowadziła do wytworzenia uproszczonych pod względem składu florystycznego i struktury fitocenoz leśnych. Wyraża się to w odmodzeniu drzewostanu (juwenalizacja), protegowaniu jednego gatunku w drzewostanie - najczęściej sosny (pinetyzacja) oraz silnego rozwoju warstwy krzewów i jeżyn pod wpływem zrębu (fruicetyzacja). Rośliny rzadkie i chronione Na terenie gminy Niemce stwierdzono występowanie 31 gatunków roslin objętych ochroną prawną, z tego 23 gatunków roślin rzadkich w skali kraju lub regionu oraz 16 gatunków zaliczonych do grupy gatunków rzadkich lub zagrożonych na obszarze gminy. Rośliny te reprezentuja 5 grup ekologicznych: gatunki bagienne, łąkowe, leśne i zaroslowe, kserotermiczne, synantropijne. Większość z nich występuje w dolinie Ciemięgi, w wąwozach a także w północnej części gminy, w otulinie Kozłowieckiego Parku Krajobrazowego, na północ od Niemiec.
Na terenie gminy Niemce stwierdzono występowanie 39 gatunków ptaków oraz liczne gatunki gadów, płazów motyli i trzmieli. W gminie Niemce można wydzielić trzy odmienne środowiska o różnej wartości jako ostoje fauny chronionej i zagrożonej wyginięciem.
Na południu gminy pomiędzy Jakubowicami a Ciecierzynem położona jest dolina rzeki Ciemięgi. Jest to wąska dolina z niewielkim pasmem łąk otoczona polami uprawnymi wzdłuż której często po obu stronach ciągną SIĘ zabudowania gospodarcze. Jako ostoja i miejsce przetrwania fauny dolina ta ma niewielkie znaczenie a znaczne jako szlak przemieszczania się i kontaktowania fauny terenów nadwiślańskich z pozostałymi obszarami województwa.
Ważną rolę w ochronie fauny spełnia dolina Krzywej Rzeki pomiędzy Niemcami a Starym Tartakiem i uzupełniający ją ciek wodny z rejonu Nasutowa. Ta niewielka rzeczka, w zasadzie uregulowana i położone wzdłuż niej rozlegle łąki przylegające od południa do głównego kompleksu Lasów Kozłowieckich, są ostojami niektórych gatunków fauny występującej na tym terenie. Znaczna część Lasów Kozłowieckich (lasy państwowe) leży poza granicami gminy. Niemniej jednak lasy chłopskie należące do otuliny Parku przedstawiają duże walory dla ochrony fauny. Spotykano tutaj takie gatunki jak: dzierzba gąsiorek, dzięcioł czarny, grubodziób, myszołów, sikora sosnówka i zaganiacz.
Zasadniczy charakter gminie nadają jednak pola uprawne o innym charakterze w rejonie Niemiec i Swobody, z udziałem otwartych pól o małej różnorodności środowiskowej oraz rejon Nasutów - Krasienin o typowym układzie zabudowy kolonijnej z licznymi gospodarstwami rozmieszczonymi wśród pól uprawnych. Na obydwu tych obszarach fauna ma charakter bardzo zbliżony i charakterystyczny dla środowisk polnych Lubelszczyzny.